答：税务总局于2009年初发布《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号，以下简称2号文），对特别纳税调查及调整程序进行规范，至今已有8年。《办法》结合国内国际的经济环境变化及多年来特别纳税调查调整工作的经验，对2号文中特别纳税调查调整的相关内容进行了补充修改和细化，进一步明晰税务机关的调查调整程序、调整方法等相关工作内容。《办法》还充分考虑纳税人的合法权益，进一步规范了特别纳税调整相互协商的工作流程及内容。
同时，《办法》考虑了当前国际税收新形势，根据G20倡导的“利润在经济活动发生地和价值创造地征税”总原则，充分借鉴了新的国际税收规则和G20税改成果。
二、问：企业自行调整补税后，税务机关是否可以实施特别纳税调查调整？
答：《办法》吸纳了《关于特别纳税调整监控管理有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第54号）的内容，强调税务机关以风险管理为导向，通过关联申报审核、同期资料管理和利润水平监控等手段，对企业实施特别纳税调整监控管理，发现企业存在特别纳税调整风险的，会对企业进行风险提示，鼓励企业自行调整。
企业自行调整补税的，在两种情形下税务机关仍可以实施特别纳税调查调整。一是企业自行调整补税不到位的；二是企业要求税务机关确认关联交易定价原则和方法等特别纳税调整事项的。
三、问：《办法》规定的特别纳税调查程序是否仅适用于转让定价的调查？
答：《办法》规定的特别纳税调查程序适用于对企业的转让定价、成本分摊协议、受控外国企业、资本弱化、一般反避税等事项的特别纳税调查。
四、问：非居民企业是否会被特别纳税调查？
答：根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，税务机关可以对非居民企业实施特别纳税调查。税务机关对非居民企业实施特别纳税调查并立案的，可以委托境内关联方或者与调查有关的境内企业送达《税务检查通知书（一）》。
五、问：已经申请预约定价安排的企业是否会被特别纳税调查？
答：《办法》明确经预备会谈与税务机关达成一致意见，已向税务机关提交《预约定价安排谈签意向书》，并申请预约定价安排追溯适用以前年度的企业，或者已向税务机关提交《预约定价安排续签申请书》的企业，可以暂不作为特别纳税调整的调查对象。但预约定价安排未涉及的年度和关联交易除外，也就是说如果预约定价安排未涉及的关联交易存在特别纳税调整问题，也可能被特别纳税调查调整。
六、问：被调查企业不提供特别纳税调查相关资料，或者提供虚假、不完整资料的，是否会被税务机关核定应纳税所得额？
答：《办法》第十四条规定，被调查企业不提供特别纳税调查相关资料，或者提供虚假、不完整资料的，税务机关会责令限期改正，被调查企业可以在责令限改期内补充提供资料。被调查企业逾期仍未改正的，税务机关将按照税收征管法及其实施细则有关规定进行处理，并依法核定其应纳税所得额。
七、问：《办法》对税务机关进行可比性分析提出了哪些要求？
答：《办法》进一步规范了税务机关进行可比性分析的步骤和方法，提出了具体要求。
（一）应当在分析评估交易各方功能风险的基础上，选择功能相对简单的一方作为被测试对象；
（二）优先使用公开信息，也可以使用非公开信息；
（三）可以根据实际情况选择算术平均法、加权平均法或者四分位法等统计方法，逐年分别或者多年度平均计算可比企业利润或者价格的平均值或者四分位区间；
（四）应当按照可比利润水平或者可比价格对被调查企业各年度关联交易进行逐年测试调整；
（五）采用四分位法分析评估企业利润水平时，企业实际利润水平低于可比企业利润率区间中位值的，原则上应当按照不低于中位值进行调整；
（六）被调查企业为其关联方提供的来料加工业务，在可比企业不是相同业务模式，且业务模式的差异会对利润水平产生影响的情况下，应当对业务模式的差异进行调整，还原其不作价的来料和设备价值。企业提供真实完整的来料加工产品整体价值链相关资料，能够反映各关联方总体利润水平的，税务机关可以就被调查企业与可比企业因料件还原产生的资金占用差异进行可比性调整，利润水平调整幅度超过10%的，应当重新选择可比企业。除料件还原外，对因营运资本占用不同产生的利润差异不作调整；
（七）选取的可比企业与被调查企业处于不同经济环境的，应当分析成本节约、市场溢价等地域特殊因素，并选择合理的转让定价方法确定地域特殊因素对利润的贡献。
八、问：企业在关联交易中应当特别避免的几种行为？
答：《办法》强调了税务机关特别关注的几种避税行为，企业在实际的关联交易中应予以关注，以减少税收风险。
（一）为境外关联方从事来料加工或者进料加工等单一生产业务，或者从事分销、合约研发业务的企业，承担由于决策失误、开工不足、产品滞销、研发失败等原因造成的应当由关联方承担的风险和损失；
（二）企业与其关联方之间隐匿关联交易直接或者间接导致国家总体税收收入减少；
（三）企业与其关联方之间抵消关联交易直接或者间接导致国家总体税收收入减少。
九、问：单一功能的亏损企业是否需要准备同期资料？
答：《办法》延续《国家税务总局关于强化跨境关联交易监控和调查的通知》（国税函〔2009〕363号）的文件精神，规定企业为境外关联方从事来料加工或者进料加工等单一生产业务，或者从事分销、合约研发业务，原则上应当保持合理的利润水平。上述企业如出现亏损，无论是否达到《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号）中的同期资料准备标准，均应当就亏损年度准备同期资料本地文档。税务机关会重点审核上述企业的本地文档，加强监控管理。
十、问：企业被实施转让定价调查调整后，是否会被实施5年的跟踪管理？
答：《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号）第四十五条规定，税务机关对企业实施转让定价纳税调整后，应自企业被调整的最后年度的下一年度起5年内实施跟踪管理。
《办法》取消了5年跟踪管理期的规定，强调税务机关将通过关联申报审核、同期资料管理和利润水平监控等手段，对企业实施特别纳税调整监控管理。这里包括被实施转让定价调查调整的企业。也就是说，对于被实施转让定价调查调整的企业，税务机关依然会实施特别纳税调整监控管理，而且监控管理期不限于5年。
十一、问：《办法》废止了《国家税务总局关于企业向境外关联方支付费用有关企业所得税问题的公告》（国家税务总局公告2015年第16号，以下简称16号公告），企业向境外关联方支付费用适用的政策是否存在原则性变化？
答：为方便纳税人的政策执行，《办法》吸收合并了多个相关文件，并进一步完善。其中，企业向境外关联方支付费用适用的政策没有发生原则性变化。《办法》第三十条至第三十七条将16号公告的相关内容进一步完善和细化，规定了企业与其关联方进行无形资产收益分配，以及企业与其关联方发生劳务交易支付或者收取价款等应遵循的基本原则。
应特别关注的是，《办法》明确以下情形，如果不符合独立交易原则，税务机关可以按照已税前扣除的金额全额实施特别纳税调整：
（一）企业与其关联方转让或者受让未带来经济利益的无形资产使用权而收取或者支付特许权使用费的；
（二）企业向仅拥有无形资产所有权而未对其价值做出贡献的关联方支付特许权使用费的；
（三）企业以融资上市为主要目的在境外成立控股公司或者融资公司，仅因融资上市活动所产生的附带利益向境外关联方支付特许权使用费的；
（四）企业向其关联方支付非受益性劳务价款的；
（五）企业向未执行功能、承担风险，无实质性经营活动的境外关联方支付费用的。
十二、问：对于企业自行进行调整的情况，补缴税款时是否可以按照基准利率加收利息？
答：企业自行调整补税且主动提供同期资料等有关资料，或者按照有关规定不需要准备同期资料但根据税务机关要求提供其他相关资料的，其2008年1月1日以后发生交易的自行调整补税按照基准利率加收利息。
十三、问：企业被实施特别纳税调查调整后，有哪些法律救济途径？
答：企业被实施特别纳税调查调整后，可以依法申请行政复议或者诉讼，也可以根据我国对外签署的税收协定的有关规定，申请启动特别纳税调整相互协商程序。
十四、问：企业在申请预约定价安排时，如何适用《办法》与《国家税务总局关于完善预约定价安排管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第64号，以下简称64号公告）？
答：《办法》是相互协商程序的一般性规定。双边或者多边预约定价安排所涉相互协商程序的启动、暂停和终止由《办法》进行规范，而预约定价安排的谈签根据64号公告的相关规定执行。
需要说明的是，申请双边或者多边预约定价安排的，根据64号公告第八条以及《办法》第四十八条和五十条的规定，企业在收到主管税务机关送达的同意提交正式申请的《税务事项通知书》后，可以向主管税务机关提交《预约定价安排正式申请书》，附送预约定价安排正式申请报告，同时向国家税务总局书面提交《预约定价安排正式申请书》、正式申请报告和《启动特别纳税调整相互协商程序申请表》。国家税务总局决定启动相互协商程序的，应当书面通知省税务机关，并告知税收协定缔约对方税务主管当局。主管税务机关应当在收到书面通知后15个工作日内，向企业送达启动相互协商程序的《税务事项通知书》。
十五、问：《办法》关于相互协商程序的规定和《税收协定相互协商程序实施办法》(国家税务总局公告2013年第56号，以下简称56号公告)如何衔接？
答：《办法》不适用于涉及税收协定条款解释或者执行的相互协商程序。涉及税收协定条款解释或者执行的相互协商程序，按照56号公告的有关规定执行。
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